一、測定波長
目前國內常見的ELISA試劑盒所使用的標記用酶均為辣根過氧化物酶（HRP），底物通常為四甲基聯苯胺（TMB）和鄰苯二胺（OPD），其在過氧化氫溶液的存在下，經HRP作用，分別氧化為2,2,-二氨基偶氮苯（DAB）和聯苯醌。當pH值為5.0左右時，DAB在450nm波長處有最大吸收，當pH值降為L 0時，最大吸收波長移至492 nm,同時摩爾消光系數變大，顯色加深，因而常用強酸如硫酸或鹽酸終止反應。TMB的氧化產物聯苯醌在波長450nm處有最大消光系數，如果HRP量少，H:O:和TMB過量時，則形成藍色的陽離子根。降低pH,即可使藍色的陽離子根轉變為黃色的聯苯醌，使用硫酸作為終止劑可使產物穩定90min.因此，450nm和492 nm兩個波長是目前ELISA測定常用的。各種酶標儀都配有放置濾光片的可自動轉換的部件，可以同時安裝6~8片濾光片，所配備的濾光片均應包括上述兩個波長，有的酶標儀以490nm濾光片替代492nm濾光片，影響不大    一般酶標儀的測定波長在400~750nm或800nm之間，可以滿足ELISA的顯色測定。。除了這兩個基本濾光片外，考慮到雙波長比色的需要，還應有620nm或630nm或650nm和405nm波長的濾光片，其他濾光片可根據自己的需要選擇。有時，有的實驗室希望用酶標儀作微量生化測定，故酶標儀生產廠家對其生產的酶標儀擴展了紫外檢測功能，此時需要一個340nm波長濾光片。此時，酶標儀的測定波長范圍就成為340-750nm或800nm。
酶標儀有單波長和雙波長檢測功能有時使用者不知在什么情況下使用單或雙波長檢測。所謂的“單波長"就是使用一種對顯色具最大吸收的波長即450 nm或492 nm進行比色測定；而“雙波長"則除了用對顯色具最大吸收的波長即450 nm或492 nm進行比色測定外，同時用對特異顯色不敏感的波長如630 nm進行測定，酶標儀最后打印出來的吸光度則為二者之差。630 nm波長下得到的吸光度是非特異的，來自于板子上諸如指紋、灰塵、臟物等所致的吸收。因此，在ELISA比色測定中，最好使用雙波長，且不必設空白孔。

二、測定的吸光度范圍   
通常，酶標儀的吸光度測定范圍在。0-2.5之間即可以滿足ELISA的測定要求。早期的酶標儀可測定的吸光度一般在0-2.5之間，但現在基本上都做了拓寬，可達到3.5以上，并且能保持很好的精密度與線性。如Labsystems公司Dragon Wellscan MK-2的吸光度測定范圍為0-3.5，而Multiskan Ascent的吸光度測定范圍（Abs）達0-4.0，在0-4.0范圍，線性誤差不超過±2.0%，在0.3-3.0吸光度范圍內，測定精密度CV小于±0.2%；3.0-4.0 Abs范圍內，測定精密度CV小于士0.2%。因此，對于酶標儀的吸光度范圍不必去刻意追求大的吸光度范圍，主要要看在一定的吸光度范圍內的線性和精密度如何。

三、光學系統   
酶標儀的光學系統采用的是垂直光路多通道（通常為8或12通道，亦有單通道）檢測，一般為硅光管或光導纖維，除測定通道外，有的酶標儀還有一個參比通道，每次測定可進行自我校準。酶標儀的光學系統功能如何，均可通過酶標儀測定的吸光度范圍、線性度、精密度和準確度等體現出來。光學系統好的話，則上述指標也應較佳。測定的精密度與測定通道之間的均一性有直接關系。單通道可避免因通道不同所致的差異。

四、檢測速度   
酶標儀的檢測速度是指其完成比色測定所需要的時間。檢測速度快，有利于提高檢測的精密度，即避免由于測定過程中，因測定時間不同所致的各微孔間吸光度間的差異。目前市場上常見的酶標儀檢測速度都非常快，通常在數秒鐘內，如Labsystems公司Dragon Wellscan MK-2和MK-3檢測96孔只需2s（連續模式）或5s（步進模式）。Multiskan Ascent為單通道檢測，亦只需9s（連續模式）或14s（步進模式）。又如BioRad公司的Benchmark的檢測速度單波長為7s，雙波長為15s。

五、震板功能    
酶標儀的震板功能是指酶標儀在對ELISA板孔進行比色測定前對其進行振蕩混勻，使板孔內顏色均一。目前市場上常見的酶標儀均有震板功能，所不同的是震板方式，有的可按上下、左右或旋轉等方式及振蕩幅度等任意調節，如Labsystems的MK-2；有的則較為固定，如BioRad 550。使用有震板功能的酶標儀，在進行ELISA測定顯色反應完成加入終止劑后，可不必振蕩混勻，直接放人酶標儀上測定即可。

六、溫育功能   
溫育功能是指酶標儀本身能按要求自動精確地控制儀器內部的溫度，使得ELISA測定中微孔板條的溫育過程可在儀器內部完成，而無需再外配溫箱。目前，只有少部分酶標儀具有此種功能。

七、軟件功能   
軟件功能是指酶標儀所具有的對ELISA定性和定量測定及其他測定方式如酶標動力學、紫外和凝集等數據的統計分析并報告結果的功能。軟件功能是中高檔酶標儀的一個非常重要的功能。如果硬件方面區別不大，則軟件就成為判定酶標儀優劣的惟一指標。對于用戶來說，好的軟件功能，對實際工作會有較大的幫助。