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普通PCR引物與qPCR引物的對比

更新時間:2023-06-30      瀏覽次數:822

普通PCR和熒光定量PCR的檢測方式具有較大的差別。熒光定量PCR實時監測與DNA結合的熒光染料激發的熒光,普通PCR通過檢測插入DNA中核酸染料的量來測定PCR最終產物量。熒光定量PCR可以通過擴增曲線進行精確定量,普通PCR則是通過電泳的方式進行定性分析。那么在普通PCR和熒光定量PCR的引物設計方面,有什么相同點和不同點呢?今天小編就給大家匯總一下。

相同處:

?  序列的查找是一致的。

?  序列選取應在基因的保守區段。

?  選取合適的擴增片段大小。

?  避免引物自身或與引物之間形成4個或4個以上連續配對。

?  避免引物自身形成環狀發卡結構。

? Tm值在55-65℃,GC含量在40%-60%。

?  引物之間的Tm相差避免超過2℃。

?  引物的3’端避免出現3個或3個以上連續相同的堿基。

不同處:

熒光定量PCR 引物

?  PCR產物長度:要求在300bp以內,一般80-150bp之間。

?  引物特異性:對引物要求高,盡量減少引物二聚體的產生,熔解曲線要求單一產物。

?  擴增效率:熒光定量 PCR的目的是進行定量或者相對定量,擴增效率應在90%—110%之間。

?  多對目的基因同時擴增,文獻上查來的引物條件會不同,需要設計盡可能條件一致的引物。

?  目的基因含量比較低時,需要設計靈敏度比較高的引物。
 

普通PCR 引物

?  普通PCR的擴增長度,根據實驗的要求不同,一般是從150bp到幾千bp不等。

?  相對于熒光定量PCR,普通PCR對二級結構要求較低。

?  對擴增效率要求不高。

?  可以選用梯度PCR儀,選擇不同退火溫度,對引物退火溫度要求不需要一致。


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